هر یک از چاکراهای اصلی با ساختار و عملکرد تمام کالبدهای هفت‌گانه انسان در ارتباط است.  ارتباط آجنا با جسم فیزیکی را از نظر اهمیت می‌توان به سه بخش تقسیم نمود: اول غدد درون‌ریز، دوم سیستم عصبی، سوم سایر ارگان‌ها.

 در بخش اول، چشم دل به‌طور مشخص با غده‌ی پینه‌آل و غده‌ی هیپوفیز در ارتباط است. در بخش دوم با سیستم عصبی مرکزی و به‌طور دقیق با مغز و بخش گردنی نخاع ارتباط دارد. حواس پنج‌گانه نیز با آجنا مرتبط است. در بخش سوم می‌توان از چشم‌ها، گوش‌ها، بینی و سینوسهای پیشانی، گونه و بینی نام برد.  تمام عملکردهای فیزیکی از بُعد مادی در نهایت به این دو بخش برمی‌گردد، در اصل این دو بخش رهبر و مسؤول کنترل و هدایت تمام اعمال فیزیکی در جسم می‌باشند. تمام فعل و انفعالات فیزیکی توسط اعصاب و غدد درون‌ریز تنظیم می‌شوند. این دو بخش مکمل یکدیگر می‌باشند.

همانطور که گفتیم در سطح آناتومیک وفیزیولوژیک هر چاکرا با قسمتی از سیستم عصبی و غدد درون‌ریز در ارتباط است. هرچند که چـاکراها به تناسب محل قـرار گـرفتن‌شان با بخش‌های مختلفی از جسم فیزیـکی در ارتباطـند، ولـی ارتباطشان با غدد درون‌ریز بسیار حایز اهمیت است. به‌طوری که بین چاکراها و غدد درون‌ریز ارتباطات و تأثیرات متقابل وجود دارد. به عبارت دیگر هر چاکرا دارای یک معادل فیزیکی مشخص در کالبد فیزیکی است. معادل فیزیکی چاکرای آجنا غده‌ی پینه‎آل (غده‌ی صنوبری) است. 
امروزه آخرین مطالعات پزشکی نشان می‎دهد که غده‌ی پینه‎آل در توانایی‌های روحی انسان نقش مهمی دارد. از بین ارگان‌های بدنِ انسان هیچ ارگان دیگری به اندازه‌ی غده‎ی پینه‎آل در جهت تکامل دچار تغییر و تحول نشده است.


. در جریان تکامل گونه‎ها از خزندگان تا پرندگان، حیوانات و سرانجام انسان، سلول‌های حس‎گر غده‌ی پینه‎آل، به وسیله سلول‌های دیگر جایگزین شده‎اند و در تکامل یافته‎ترین مهره‎داران مانند انسان دیگر اثری از سلول‌های گیرنده‌ی نور در غده‌ی پینه‎آل به جا نمانده است.


در پستانداران غده‌ی پینه‎آل تقریباً در وسط مغز قرار گرفته است. این غده به بعد از بلوغ،  با فرآیند رسوب کلسیم سفت می‎شود اما عملکرد آن تغییری نمی‎کند.
یکی از فیزیولوژیست‎های مشهور در آزمایشگاه نشان داده است که غده‌ی پینه‎آل یک ساعت بیولوژیک حساس است که با استفاده از ریتم روزانه‌ی انرژی عصبی، ترشح غدد درون‌ریز را تحریک می‎کند. این فعالیت عصبی تحریک کننده توسط نور ایجاد می‎شود. او هم‌چنین کشف کرده است که غده‌ی پینه‎آل هورمون ملاتونین تولید می‎کند، این هورمون در هیچ ارگان فیزیکی دیگری تولید نمی‎شود. ملاتونین علاوه بر تأثیراتش بر رنگدانه ملانین در پوست، در زنان باعث کاهش اندازه تخمدان‌ها و افزایش مدت سیکل قاعدگی ماهانه می‎شود. به‎طور کلی این هورمون عملکرد جنسی انسان را کاهش می‎دهد.


غده‌ی پینه‎آل فقط در هنگام تاریکی، هورمون ملاتونین تولید می‎کند، پس از گذشت شش ساعت از تاریکی اندازه‌ی غده‌ی پینه‎آل افزایش می‎یابد و برای تولید ملاتونین فعال می‎شود. وقتی روشنایی دوباره پدیدار می‎شود تولید ملاتونین کاهش می‎یابد. این پدیده، مشابه عملکرد غده‌ی هیپوفیز است که هورمون آدرنوکورتیکوتروپ را بین ساعت سه تا شش صبح تولید می‎کند. این هورمون فعال کننده‌ی غدد آدرنال (فوق کلیوی) است. غده‌ی پینه‎آل که در دنیای مدرن، عملکرد خود را به عنوان یک ارگان حس‎گر نور از دست داده است، با دریافت نور توسط چشم‌ها کنترل می‎شود، به این ترتیب که چشم‌ها بر سیستم عصبی سمپاتیک تأثیر گذاشته، سیستم سمپاتیک هم به نوبه‌ی خود غده‌ی پینه‎آل را فعال یا غیرفعال می‎کند.


غده‌ی پینه‎آل هورمون دیگری به نام اسکوروتونین هم تولید می‎کند. این هورمون در هنگام روشنایی تولید می‎شود. در شرایط روشنایی پایدار غده‌ی پینه‎آل تولید ملاتونین را متوقف می‎کند و به‌طور مداوم به تولید مقادیر بالای اسکوروتونین می‎پردازد. از سوی دیگر در تاریکی پایدار تولید اسکوروتونین ادامه می‎یابد. تولید این هورمون هنگام روز در بالاترین حد و هنگام شب در پایین‎ترین حد است، حتی اگر محیط به‌طور مداوم تاریک باشد. هم‌چنین مشخص شده است که برداشتن چشم‌ها یا قطع کردن سیستم سمپاتیک موش‎ها اثری مشابه قرار دادن آنها در تاریکی مداوم دارد. به هر حال در این شرایط ریتم روزانه‌ی تولید اسکوروتونین به‌طور طبیعی ادامه پیدا می‎کند.


انسان اولیه از لحاظ عقلانی پیشرفته نبوده، حیات او عمدتاً به غریزه و شهود وابسته بوده است، که هر دو از طریق چاکرای آجنا عمل می‎کنند. چاکرای آجنا با غده‌ی پینه‎آل و این غده با سیستم عصبی سمپاتیک در ارتباط است. اکثر اعمال انسان اولیه را سیستم عصبی سمپاتیک کنترل می‎کرده، زیرا سیستم عصبی مرکزی انسانِ اولیه (مغز و نخاع) به حد کافی تکامل یافته نبوده است. بنابراین زندگی انسان اولیه و عملکرد سیستم عصبی سمپاتیک او به‌طور عمده به تکانه‌های کالبد اختری وابسته بوده است.
دانش کسب شده در سطوح فرامادی در مغز اختری یا ذهن پدیدار می‎شود و از طریق کالبد اختری به مغز فیزیکی می‎رسد. غده‌ی پینه‎آل با چاکرای آجنا ارتباط دارد وآجنا نیز به نوبه‌ی خود با کالبد ذهنی در ارتباط است. غده‌ی پینه‎آل به عنوان یک ارگان فیزیکی انتقال دهنده‌ی افکار از یک مغز به مغز دیگر یا از سطح بالاتر به مغز فیزیکی عمل می‎کند. اما انسان اغلب از ماهیت این دانش یا نحوه‌ی ارتباط با آن آگاهی ندارد، زیرا اکثر مردم از سطوح بالاتر، آگاهی ندارند و توانایی‌های معنوی آنها درگیر تکانه‎ها و فرآیندهای ذهنی است. بسیاری از مردم نسبت به فرآیندهای سطح بالا حساسند، اما عدم آگاهی آنها ناشی از فقدان ارتباط با سیستم عصبی سمپاتیک است. ممکن است فردی در سطح اختری آگاه و فعال باشد، اما به علت عدم ارتباط بین سیستم‎های فیزیکی و اختری در آگاهی او وقفه وجود داشته باشد. هر چقدر که آگاهی در سطح اختری زنده و فعال باشد، نمی‎تواند خاطره‌ی تجربیات آگاهی برتر را به مغز فیزیکی انتقال دهد، مگر این‌که ارتباط‎های مذکور فعال باشند.
 
 
مآخذ: کتاب متافیزیک و چشم سوم، تآلیف مطلب برازنده، انتشارات نوید