هر یک از چاکراهای اصلی با ساختار و عملکرد تمام کالبدهای هفت‌گانه انسان در ارتباط است.  ارتباط آجنا با جسم فیزیکی را از نظر اهمیت می‌توان به سه بخش تقسیم نمود: اول غدد درون‌ریز، دوم سیستم عصبی، سوم سایر ارگان‌ها.